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《南方水產科學》文稿應論點明確，數據可靠，語言精練，層次分明。學術欄目文稿需附300字以內的中（英）文摘要、3～5個關鍵詞。文中一級標題序號為1，二級標題為1.1，三級標題為1.1.1，均靠左側頂格書寫。

《南方水產科學》請在文稿題名下寫清作者及其工作單位名稱、郵政編碼；文后注明第一作者的出生年月、性別、學歷、職稱、主要從事工作以及具體通訊地址、聯系電話、電子郵箱。

《南方水產科學》論文不超過6000字，綜述不超過7000字，研究簡報限4000字（含圖、表等）。

本刊已全面實行網上投稿、審稿和退修，不再接受紙質投稿。作者進入本刊網站（http://www.schinafish.cn/）簡單注冊后即可進行網上投稿，稿件請用Word軟件排版后上傳。

文稿中外文字母及符號的大小寫、正斜體、上下角字母、數字和易混淆的字母必須標注清楚。拉丁文生物學名的屬、種名為斜體，定名人為正體，屬名在文中首次出現時不能縮寫。

文稿中插圖一律隨文檔或以附件上傳，圖中文字、符號、數字標清楚，并注明圖號、圖題。圖一律用黑白或灰度制作。表格一律排成三線表，由數據生成的圖和表請一并附上源數據庫。原圖為照片的請掃描后發送（彩色照片的分辨率不低于150dpi）。

文稿中所用度量衡單位一律按國家技術監督局1993年12月27日發布的GB3100～3102-93號標準《量和單位》中規定的外文字母書寫，不再使用以下括號內的漢字寫法。如面積用km2（公里2）、hm2（公頃）、m2（米2）、cm2（厘米2）、mm2（毫米2），畝一律換算成公頃；體積用m3（米3）、cm3（厘米3）、mm3（毫米3）；容量用L（升）、mL（毫升）；時間用d（天）、h（時）、min(分)、s（秒）；表示濃度的ppm一律改用μL·L-1或mg·kg-1。組合單位中不能附加其他信息，例如光合速率（CO2）為27.5～31.3μmol·（m2·s）-1，不能寫成光合速率為27.5~31.3μmolCO2·（m2·s）-1。

文后參考文獻著錄規則按照新的國家標準GB/T7714-2005執行。文中直接引用的公開發表的主要參考文獻，以順序編碼制著錄，即按文獻在文中出現的先后順序連續編碼，在正文引用處加注上角標（如:……××[1-4]……××[5]），文后按引用順序依次列出。